Er zijn in ons land twee organisaties die zich specifiek met Coornhert bezighouden: de ‘Coornhert Stichting Haarlem’ en de ‘Coornhert Stichting’. De namen van beide rechtspersonen geven mogelijk aanleiding tot enige verwarring. De website waar u zich nu op bevindt is van de in 2017/2019 opgerichte Coornhert Stichting Haarlem Deze is er vooral op gericht een breed publiek met Coornhert te laten kennismaken, met accent op Haarlem en omstreken.

De Coornhert Stichting is vooral wetenschappelijk georiënteerd en heeft zich met name gericht op het uitgeven van studies en teksten.
De Coornhert Stichting, opgericht in 2007, speelt een belangrijke rol in de hernieuwde belangstelling voor Coornhert, met de heruitgave van werken van Coornhert en het stimuleren van publicaties over hem. Onder verantwoordelijkheid van de Coornhert Stichting is een serie Bibliotheca Dissidentium Neerlandicorum [Bibliotheek van Nederlandse Vrijdenkers] gestart waarin tot nu toe eenentwintig tekstedities en studies zijn verschenen. Voorzitter van deze stichting is dr. Gerlof Verwey.
De website van de stichting www.coornhertstichting.nl is een waardevolle bron voor de Coornhert-studie. Warm ter raadpleging aanbevolen.

De doelstellingen van de Coornhert Stichting reiken overigens verder dan de persoon Coornhert. Men richt zich ook op andere vrijdenkende Nederlanders, die in zijn geest actief waren of al eerder vergelijkbare ideeën koesterden.
In lijn met de denkbeelden van Coornhert zijn de statutaire doelstellingen van de Coornhert Stichting: ‘streven naar een publieksgerichte cultuuroverdracht; bevorderen van een ethisch-humanitaire grondhouding van tolerantie; stimuleren van de zin voor letterkunde en kunst(en)’.
De Stichting probeert deze doelen te bereiken door publicaties, vertalingen, monografieën en tekstedities, zowel digitaal als in druk. Ook ondersteunt zij projecten van derden via subsidies, leerstoelen en prijsvragen.

Het bestuur van de Coornhert Stichting bestaat uit dr. G. Verwey (voorzitter), J. Verwey MA (secretaris), dr. R.S. Buys (penningmeester), prof. dr. R.A.M. Aerts, em. prof. dr. J.A.A.M. Biemans en prof. dr. A.B.G.M. van Kalmthout.
De Coornhert Stichting Haarlem en de Coornhert Stichting onderhouden goede contacten en hebben in 2022 een belangrijk evenement georganiseerd: het op 20 april in Haarlem gehouden publiekscongres Coornhert500: tolerantie en samen leven. Dit congres diende mede als landelijke start van de herdenking van het 500ste geboortejaar van Coornhert.